Institutets forskningsverksamhet struktureras runt varierande forskningsprogram som vanligtvist bedrivs inom en forskningsperiod av fyra - sex år. En styrelse bestående av nio personer beslutar om inriktning och tillsättning av vd. Vd får i uppdrag att skriva forskningsprogram, som styrelsen sedan godkänner. Det nuvarande forskningsprogrammet heter Sverige i framtiden och löper under perioden 2009-2013.

Varje forskningsprogram innehåller flera projekt som fokuserar på mer specifika områden i förhållande till det generella forskningsprogrammet, och som genomförs av Institutets olika forskargrupper.

Utöver forskningsprogrammet finansieras forskningsprojekt även med externa forskningsmedel. Forskningsprogrammen avslutas ofta med en offentlig konferens. Institutets forskare redovisar och diskuterar sina resultat vid regelbundna workshops och seminarier, samt dokumenterar forskningsresultaten i varierande publikationsformer.